Huyện Lộc Ninh trước đây vốn là một tổng thuộc quận Hớn Quản, tỉnh Thủ Dầu Một.

Năm 1938, tổng Lộc Ninh có 6 làng.

Năm 1957, khi tỉnh Bình Long được thành lập, thì Lộc Ninh là một trong 2 quận của tỉnh này. Lúc đó quận Lộc Ninh có 18 xã với 95 ấp.

Năm 1960, do hợp nhất một số xã nên quận Lộc Ninh còn 10 xã.

• Ngày 07 tháng 04 năm 1972, Lộc Ninh thuộc quyền kiểm soát của Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hoà Miền Nam Việt Nam

• 1972-1975: Lộc Ninh đã trở thành thủ phủ của Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hoà Miền Nam Việt Nam.

• Nơi đây là căn cứ Bộ chỉ huy Quân ủy Miền Nam, cũng là nơi đặt sở chỉ huy chiến dịch Hồ Chí Minh lịch sử

• Lộc ninh còn là đoạn cuối của tuyến đường Hồ Chí Minh, một trong những nơi quan trọng nối liền huyết mạch giao thông, tiếp nhận chi viện từ hậu phương miền Bắc với chiến trường Nam bộ B2;

• Nơi đây (tại sân bay Lộc Ninh) đã diễn ra sự kiện trao trả tù binh giữa Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hoà Miền Nam Việt Nam và Việt Nam Cộng hoà.

Năm 1976, huyện Lộc Ninh thuộc tỉnh Sông Bé mới được thành lập.

Năm 1977, huyện Lộc Ninh cùng với 2 huyện Chơn Thành và Hớn Quản hợp nhất thành huyện Bình Long.

Huyện Lộc Ninh được tái lập theo Quyết định số 34-CP của Hội đồng Chính phủ ngày 9 tháng 2 năm 1978 trên cơ sở tách một số xã của 2 huyện Phước Long (gồm: Thiện Hưng, Hưng Phước, Tân Hòa, Tân Tiến, Bù Tam) và huyện Bình Long (gồm: Lộc Hiệp, Lộc Thành, Lộc Hưng, Lộc Quảng, Lộc Khánh, Lộc Tấn, Lộc Thái).

Khi mới thành lập, huyện Lộc Ninh có 12 xã: Bù Tam, Hưng Phước, Lộc Hiệp, Lộc Hưng, Lộc Khánh, Lộc Quảng, Lộc Tấn, Lộc Thái, Lộc Thành, Tân Hòa, Tân Tiến, Thiện Hưng.

Ngày 10 tháng 9 năm 1981, thành lập xã Lộc Hòa.

Ngày 17 tháng 7 năm 1986, chia xã Lộc Hòa thành 2 xã: Lộc Hòa và Lộc An.

Ngày 29 tháng 8 năm 1994:

• Thành lập thị trấn Lộc Ninh là thị trấn huyện lỵ huyện Lộc Ninh trên cơ sở một phần diện tích tự nhiên và nhân khẩu của xã Lộc Tấn
• Hợp nhất 2 xã Tân Hòa và Bù Tam thành xã Thanh Hòa.

Ngày 6 tháng 11 năm 1996, tỉnh Bình Phước được tái lập từ tỉnh Sông Bé cũ, huyện Lộc Ninh thuộc tỉnh Bình Phước.

Ngày 26 tháng 12 năm 1997, thành lập xã Tân Thành trên cơ sở 4.050 ha diện tích tự nhiên và 4.539 nhân khẩu của xã Tân Tiến.

Ngày 18 tháng 3 năm 1998:

• Thành lập xã Lộc Thiện trên cơ sở 5.000 ha diện tích tự nhiên và 811 nhân khẩu của xã Lộc Thành; 660 ha diện tích tự nhiên và 5.050 nhân khẩu của xã Lộc Thái
• Thành lập xã Lộc Điền trên cơ sở 3.886 ha diện tích tự nhiên và 5.856 nhân khẩu của xã Lộc Khánh
• Thành lập xã Lộc Thuận trên cơ sở 1.520 ha diện tích tự nhiên và 1.106 nhân khẩu của xã Lộc Thái; 3.429 ha diện tích tự nhiên và 4.655 nhân khẩu của xã Lộc Khánh.

Ngày 20 tháng 2 năm 2003, huyện Bù Đốp được tái lập trên cơ sở tách một phần huyện Lộc Ninh gồm các xã: Hưng Phước, Thiện Hưng, Thanh Hoà, Tân Tiến, Tân Thành. Do đó diện tích huyện Lộc Ninh giảm từ 1.236,8 km² xuống còn 863 km².

Ngày 16 tháng 5 năm 2005:

• Thành lập xã Lộc Thạnh trên cơ sở 7.449 ha diện tích tự nhiên và 5.412 nhân khẩu của xã Lộc Tấn
• Thành lập xã Lộc Thịnh trên cơ sở 6.272 ha diện tích tự nhiên và 1.657 nhân khẩu của xã Lộc Thành, 85 ha diện tích tự nhiên và 98 nhân khẩu của xã Lộc Khánh, 1.500 ha diện tích tự nhiên và 2.302 nhân khẩu của xã Lộc Hưng.

Ngày 1 tháng 3 năm 2008, thành lập xã Lộc Phú trên cơ sở điều chỉnh 3.026 ha diện tích tự nhiên và 7.035 nhân khẩu của xã Lộc Quang.